LOD Challenge Japan 2013

UTProt Image: ~ アプリや教材として使える生体高分子画像データベース ~

応募者の情報
ご氏名	鑓水優行, 込山悠介, 清水謙多郎[学生]
ご所属	東京大学
e-mailアドレス	yarichan [at] bi.a.u-tokyo.ac.jp
応募するデータセットの情報
データセットの名称	UTProt Image: ~ アプリや教材として使える生体高分子画像データベース ~
データセットのURL	http://www.utprot.org/resource/images/
データセットの概略説明	オープンライセンスを付与した生体高分子の立体構造画像及び分子間相互作用の二次元モデルのデータセットを作成した。
データセットの詳細説明	我々はライフサイエンス分野のオープンデータであるProtein Data Bank（PDB）に登録されている全タンパク質の立体構造を、可視化するソフトを用い三次元モデル画像を作成した。作成した画像ではタンパク質のリガンド結合部位が視認しやすいようにタンパク質の二次構造の表示モデルや彩色を工夫した。また我々が独自に持つ原子座標レベルでのタンパク質–リガンド結合部位のデータに対して、Ligplotを用いリガンド結合残基周辺の相互作用情報を計算し、二次元モデルの画像も同様に作成した。これによりタンパク質のインタラクトーム解析を行う研究者が直感的に相互作用を理解できるようなタンパク質の画像のデータセットを作ることができた。これらの画像は、我々が構築したインタラクトーム（網羅的な分子間相互作用の研究）統合プラットフォーム「UTProt」の画像データベース「UTProt Image」にて公開している。 UTProt Image へは約48万件のタンパク質とリガンドのイメージが登録されている。そのうち40万件はHPC（High Performance Computing）によってLigplotで並列計算したタンパク質–リガンド結合部位の2Dグラフィックスである。提供するファイル形式はPNGおよびSVGである。また、アプリケーション開発を考慮してグラフィックスにはオープンライセンス（CC-BY）を与えて公開している。UTProt Imageへはhttp://www.utprot.org/resource/images/ からアクセスできる。
アプリ提案・希望	ウェブアプリケーションやスマートフォンアプリ、教材用のスライド等に用いる画像としてオープンライセンスで提供したい。
データセットの権利指定	表示原作者のクレジット（氏名、作品タイトルとURL）を表示することを守れば、改変はもちろん、営利目的での二次利用も許可される最も自由度の高いCCライセンス。
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