MEO
| 応募者の情報 | |
|---|---|
| ご氏名 | MicrobeDB.jpプロジェクトチーム |
| ご所属 | 東京工業大学、ライフサイエンス統合データベースセンター、国立遺伝学研究所、基礎生物学研究所 |
| e-mailアドレス | hmori [at] bio.titech.ac.jp |
| 応募するデータセットの情報 | |
| データセットの名称 | MEO |
| データセットのURL | http://mdb.bio.titech.ac.jp/meo/ |
| データセットの概略説明 |
メンバー: 森宙史、岡本忍、川島秀一、竹原潤一、吉野弘二、MicrobeDB.jpプロジェクトチーム。
地球上のさまざまな場所から採取された微生物の遺伝子情報データから、生息環境を記述したメタデータのLOD化を行いました。 微生物は陸地・海洋・動植物の体内など、地球上のあらゆる場所に生息しており、酸素の発生、窒素の代謝、光合成、腸内細菌など、地球や生物の物質循環で重要な役割を担っています。 ここ数年で、生物のもつすべての遺伝子セット（ゲノム）を超高速に解読する技術が急速に進歩しました。 それらの技術をつかって、環境中の土や海水などのサンプルから直接ゲノムを解読し、その環境に、どのような微生物がどれくらい生息していて、どんな遺伝子をもって何をしているのかを解明する「メタゲノム解析」が可能になりました。 この解析手法は、病気の治療、農業の改善、エネルギー生産など多くの応用が期待されています。現在までに多数のメタゲノム解析の結果が国際データベースに登録され、公開されています。 しかし、現状の公開されているメタゲノムデータでは、サンプルがどのような環境や場所から採取されたかというメタデータに関して、用語や記述方法などが統一されていないため、再利用が困難です。 そこで、今回われわれは、データベースの利用者に、より高度な検索を提供するために、微生物の生息環境を記述するためのオントロジーである、MEO (Metagenome/Microbes Environment Ontology)を開発し、公開されているメタゲノム解析データのマッピングと整理を行ないました。 応募したデータは、メタゲノム解析由来の微生物の生息環境に関する公開メタデータを、サンプルごとにMEOにより整理することでメタゲノムデータと環境情報をリンクさせたLODファイルと、MEOのOWLファイルの2つから構成されています。 |
| アプリ提案・希望 |
MEOは土壌・海などの各種環境に加え、地名、微生物が共生する宿主の系統、宿主の器官などを階層的に記述した巨大なオントロジーです。
MEOを用いることで、公共データベースに登録されているメタゲノムデータや微生物の分離元のデータ等を利用して、畑の土壌と森林の土壌、ヒトの大腸と小腸、ほ乳類の腸と昆虫の腸、メキシコ湾の海水と東京湾の海水など、様々な環境カテゴリ間で微生物の構成メンバーや遺伝子機能を比較可能なデータベースを構築する事が出来るようになります。 現在、私達はゲノム・メタゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合し、幅広い分野での微生物学の発展に寄与できる「微生物エンサイクロペディア」の構築を目標として、MicrobeDB.jpというデータベースを構築しております。このMicrobeDB.jpにMEOを組み込むことで、微生物の生息環境情報の高度な検索システムを構築できると考えております。 |
| 関連するデータセット | |
| 関連するアイデア | |
| データセットの権利指定 |
表示—継承
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